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真核转录组测序(RNA-seq)

项目介绍
参数
常见问题
应用案例

 

真核转录组测序(RNA-seq)

 

真核转录组测序(RNA-seq)采用高通量测序平台,

对某个特定样本状态下转录的所有mRNA进行测序,

可全面快速分析mRNA序列和丰度信息,

又可对基因结构和产生的新转录本进行分析;

广泛应用于生命科学、基础医学、农学研究领域。

 

用心服务每一个项目

多年转录组学项目经验及多组学关联分析经验

已完成人、小鼠、大鼠等物种进行转录组测序分析,

丰富的RNA转录组与甲基化数据多组学关联分析经验

助力客户在Genome Biology、Nature Communications、Epigenetics等权威杂志发表多篇高水平论文。

 

科学方案设计

从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成

 

 

 

样本类型和要求

样本类型

样本要求

RNA

总量≥ 1ug; 浓度≥ 30ng/ul; RIN≥7;

细胞、组织样本

按照送样要求准备

备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

 

 

数据分析

通过reads与参考基因组比对,

获得某个物种在特定条件下的转录信息,

系统全面的对基因表达定量和结构分析,

多样本差异表达基因及功能富集分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

 

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案例分析: 转录组测序确定急性淋巴细胞白血病的一个不同亚型

Whole-transcriptome sequencing identifies a distinct subtype of acute lymphoblastic leukemia with predominant genomic abnormalities of EP300 and CREBBP. Genome Res. 2017 Feb;27(2):185-195.

研究者对231例儿童急性淋巴细胞白血?。?/span>ALL)样本进行全转录测序分析,在54.1%例患者中发现了58个功能性和显性融合基因,其中31个之前未报道。另外,研究者发现了一个独特的儿童ALL亚型,其显著特征主要与组蛋白乙酰转移酶EP300CREBBP关联的ZNF38基因重排有关。该研究结果表明基因融合是儿童ALL常见的一类基因组异常;另外,EP300/CREBBP引起的复发易位会导致表观调控放松,并有可能作为潜在靶向治疗的靶点。