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染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)

项目介绍
参数
常见问题
应用案例

 

ChIP经典的蛋白与DNA互作研究工具

 

染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq),

是将染色质免疫共沉淀与高通量测序相结合的技术,

是研究蛋白质与DNA相互作用的经典手段;

通过将测序获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,

从而获得全基因组范围内与组蛋白修饰、转录因子等互作的DNA区段信息。

 

用心服务每一个项目

最早开发动植物ChIP技术团队之一,

已完成人、小鼠等多种物种进行染色质免疫共沉淀测序分析,

助力客户在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等杂志发表多篇论文。

 

科学方案设计

从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。

 

样本类型和要求

样本类型

样本要求

ChIP富集DNA

总量≥ 1ng; 浓度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量;主峰范围在100-750bp;

细胞沉淀

组蛋白修饰1x10*7细胞;转录因子5x10*7细胞

动植物组织

按照送样要求准备

备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

 

信息分析

ChIP-Seq

分析内容

备注

标准化分析

1、测序数据质量评估

去除低质量数据及接头序列

2、与参考基因组比对

测序reads 在基因组上的分布

3、Peak峰Calling

寻找组蛋白修饰或者转录因子结合位点

4、Motif分析

寻找修饰或者结合序列的偏好性

5、Peak图谱分析

Peak 在基因组,染色体,功能元件上的分布

6、Peak相关基因注释

寻找修饰或者转录因子结合基因

7、组间差异Peak分析

寻找差异修饰或者转录因子结合区域

8、差异Peak基因分析

相关基因GO,KEGG富集分析

高级分析

9、多组学整合关联分析

例如,与转录组等数据关联分析

10、其它定制化分析

结合课题背景亮点挖掘

 
 
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案例分析:索拉非尼Sorafenib通过表观调控机制抑制人肺上皮细胞EMT (团队成员发表)

Sorafenib inhibits epithelial-mesenchymal transition through an epigenetic-based mechanism in human lung epithelial cells. PloS one. 2013; 8: e64954.

一、研究背景

上皮向间质转变(EMT)一直被认为是原发肿瘤向转移发展的重要早期步骤。组蛋白修饰在癌症发生过程中紧密地调节基因表达和细胞活性,并且表观遗传治疗已经被开发用于设计有效的癌症治疗策略。索拉非尼作为第一种被批准用于癌症临床治疗的口服药物,对肿瘤生长和EMT有显著的抑制作用。然而,对潜在表观遗传机制的详细理解仍然未知。

二、研究方案

取材:肺细胞系A549 EMT模型; 处理组: TGFβ1, TGFβ1+ Sorafenib

测序:染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)

验证:ChIP-qPCR: 验证DHMR; RTq-PCR: 基因转录变化

三、研究结果

1、通过ChIP-Seq技术检测转录激活组蛋白修饰(H3K4me3H3K9ac)和转录抑制型组蛋白修饰(H3K9me3H3K27me3),发现索拉非尼显著恢复EMT时组蛋白修饰的变化;

2、索拉非尼显著抑制EMT相关关键基因的表观遗传开关,例如E-cadherin、fibronectin、TGF-b1, SnailSlug;

3、索拉非尼通过调节HATHDAC的表达水平促进组蛋白乙?;?/span>;

四、研究结论

总之,我们发现索拉非尼(Sorafenib)通过表观调控机制抑制人肺上皮细胞的EMT过程,揭示了表观标志物作为治疗人类恶性肿瘤的药物靶点具有巨大的希望。

1. 4种组蛋白修饰在基因区和启动子区的整体变化

 

2. 索拉非尼抑制TGFβ1诱导的EMT

 

3. EMT相关基因ChIP信号及转录关系

 

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