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DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)

项目介绍
参数
常见问题
应用案例

 

DNA 6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)

 

N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一,

在细菌、藻类及植物基因组中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。

6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)通过特异性抗体富集6mA甲基化的DNA片段,结合NGS测序技术在全基因组水平上分析6mA修饰信息。

 

用心服务每一个项目

专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案;

国内较早开发6mA-seq技术团队之一, 严格的内参质控;

已经完成藻类及动植物及人等多个物种6mA-seq项目经验;

专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。

 

 

科学方案设计

从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。

 

 

样本类型和要求

样本类型

样本要求

基因组DNA

总量≥ 5ug; 浓度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

动植物、藻类、低等生物等

按照送样要求准备

备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

 

 

数据分析

6mA-IP Seq

分析内容

备注

标准分析

1、测序数据质量评估

过滤掉低质量数据,保证数据质量

2、与参考基因组比对

测序Reads 在基因组上的分布

3、6mAPeak峰Calling

6mADNA富集区域鉴定

4、6mAPeak图谱分析

6mAPeak在基因组,染色体,功能元件上的分布

6、组间差异6mAPeak分析

寻找6mADMR及注释

7、差异6mAPeak基因分析

相关基因GO,KEGG富集分析

高级分析

8、多组学整合关联分析

例如与转录组关联分析

9、其它定制化分析

结合课题背景亮点挖掘

 

 

 

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案例分析:衣藻基因组6mA甲基化谱研究

N6-Methyldeoxyadenosine Marks Active Transcription Start Sites in Chlamydomonas.Cell. 2015;7;161(4):879-892.

一、研究背景

N6-甲基脱氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修饰类型。6mA在细菌中广泛存在,在DNA错配修复、染色体分离和毒力调节中发挥作用。相比之下,6mA在真核生物中的分布和功能还不清楚。

二、方法流程

取材:单衣藻(Chlamydomonas)

测序:6mA免疫沉淀测序(6mA-IP Seq)

验证:UHPLC-MS/MS: 整体6mA水平

三、研究结果

1、对衣原体基因组中的6mA进行了全面的分析,在84%的基因中鉴定出6mA修饰;

2、6mA主要位于转录起始位点(TSS)附近的AT二核苷酸上,具有双峰分布,并显示出激活基因的标记;

3、在6mA分布存在周期性模式, 与TSS附近的核小体分布有关,表明在核小体位置上可能起到作用。

四、研究结论

6mA的全基因组图谱及其在衣藻基因组中的独特分布表明6mA在真核生物基因表达中的潜在调控作用

 

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